由于脓肿发生的位置不同，临床表现也不尽相同。但一般的症状是，当发现肛门直肠周围有一个小硬块或肿块，继则突然出现局部剧烈疼痛难忍、红肿发热、坠胀不适、坐卧不宁、里急后重、大便秘结、排尿不畅，有直肠刺激症状。并随之出现如体温升高、食欲减退、寒战、神疲乏力等全身中毒症状。
(1)肛门皮下脓肿位于肛管皮下或肛周皮下，是最常见的一种。脓肿较小，全身症状不明显。局部疼痛较重，持续性痛，形成脓肿时有跳动性疼痛，咳嗽时、排便时疼痛加重。脓肿初起时局部红肿、发硬、压痛，脓肿形成时有波动。
(2)低位肌间脓肿位于齿状线以下内、外括约肌之间，距肛缘较近，脓肿一般不大，全身症状轻。局部持续性跳动性痛明显，局部红肿、指诊时肛管内有肿块，压痛明显，可有波动。
(3)坐骨直肠窝脓肿位于坐骨直肠间隙内，由于此间隙是肛提肌以下最大的间隙，因此形成的脓肿较大，症状较重。初起时即有全身感染症状，如乏力、发热、食欲减退，甚至有寒战。
局部症状开始有比较模糊的肛门持续疼痛、坠胀，随着炎症迅速发展症状逐渐加重，肛门持续性跳痛，患者行动不便，排尿困难，里急后重，排便时剧痛。患侧臀部皮肤红肿，双臀不对称。触诊局部有硬结和明显触痛，肛门指诊患侧明显压痛、肿胀，可扣到有波动的包块。
(4)肛管后间隙脓肿肛管后间隙脓肿有深浅两种。浅部脓肿位于肛尾韧带和皮肤之间，在肛门与尾骨之间皮肤红肿疼痛，患者不敢端坐，排便时疼痛。深部脓肿位于肛尾韧带深面，表现为肛门后部钝痛和坠胀，排便时疼痛加重。
(5)骨盆直肠间隙脓肿骨盆直肠间隙位于肛提肌以上，顶部为盆腔腹膜，位置深，容积大。脓肿深在骨盆内，因此全身感染症状更为显著，而局部症状体征更不明显，造成诊断上的困难。患者自觉直肠内有明显坠胀感，排便不畅，排尿困难，肛门局部无异常发现。指诊在患侧较深部位扣到压痛，有时可们到隆起或波动，直肠内灼热。诊断主要靠穿刺抽脓。
(6)直肠薪膜下脓肿位于直肠豁膜与肌层之间的结缔组织内，较少见。常由内痔注射不当、痔核感染或肛腺感染所致。
脓肿一般较小，常位于直肠下部的后方或侧方，直肠刺激症状明显，如里急后重、大便次数增加、有豁冻样分泌物，肛门内有坠胀感，排便、行走时加重。指诊可触到直肠壁上卵圆形隆起，有触痛和波动。
(7)结核性肛门直肠周围脓肿临床表现常常是慢性发病，脓肿经数周或数月才能形成、局部疼痛不剧烈，伴有低热，破溃后流出的脓液呈清稀乳白色，脓口凹陷，常有多个流脓的外口，经久不愈。全身检查可找到结核病灶，脓液培养可发现结核杆菌。
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